疆也都一直掌握在朝廷的控制之中。

1690年准噶尔部落首领噶尔丹发动叛乱，大肆劫掠当地百姓，向清朝中央政府发出强烈的挑衅信号。短短一个月，便到达距离北京仅700里的乌兰布通。

1690年7月至1695年2月，康熙皇帝两次御驾亲征，大败噶尔丹的主力，平定了边疆的叛乱，次年噶尔丹暴亡。这个穷兵黩武的准噶尔首领，最终落得个失败惨死的下场。

噶尔丹死后，准噶尔陷入部族恩怨纠葛中。其后代阿睦尔撒纳借助朝廷中央政府的力量成为“大汗”，但是他很快就反叛了。

1756年，乾隆皇帝开始平叛，顺利进入伊犁。阿睦尔撒纳仓皇逃窜至沙皇俄国境内，1757年因天花死于俄国。其追随者大小和卓也于1759年被打败，至此整个天山南北的叛乱终告平定。

1820年8月，大和卓之孙张格尔在英国殖民者的怂恿下潜回南疆掀起叛乱，他们烧杀抢掠，屠杀官兵，自封为统治者。1826年道光皇帝调兵进剿，于次年活捉张格尔，押解北京处死。此次叛乱，新疆地区开始出现内部叛乱者与外国侵略者相互勾结的局面。

到了1867年，来自中亚的阿古柏在英俄的支持下，建立“七城汗国”，发动叛乱，占领了新疆大部分地区。

这就是眼下朝廷必须面对的情况，新疆大部已控制在叛军手中，彻底与朝廷失去联系。

对于新疆叛军首领阿古柏，作为大清顶级官员，吴可自然通过朝廷了解其出身以及侵占新疆的详细过程。

1820年，阿古柏出生于塔什干附近的一个村子里，其父伊斯迈特·乌拉，在村中负责替病人诵古兰经祈福。出生后不久，其父母离异，幼小的阿古柏跟随改嫁的母亲，其继父是村中的屠夫。数年之后，其母亲死去，阿古柏成为了孤儿，流落塔什干街头。

少年阿古柏面容姣好，被街头艺人收留，到了精湛的舞艺。大约10岁的时候，他成为了一名“巴特恰”，也就是男扮女装的舞童。不久一名路过塔什干的浩罕官吏看中了他，将其收为自己的娈童，带回首都浩罕城，并将其转送给穆罕默德·卡里姆·卡希卡，马达里汗的侍从官。

1842年，马达里败于布哈拉汗国，战死沙场。布哈拉进占浩罕城，全国一片混乱。时任浩罕阿奇木伯克的卡希卡也加入对汗位的角逐中。很不幸，他失败了，而且丢掉了性命。

已经大成人的阿古柏随即回到家乡投奔塔什干伯克纳尔·穆罕默德·库什，并将美丽的同母妹妹献给了库什，这样他获得了成为库什副官的机会。不久以后库什派其出任五百人，负责镇压塔什干境内的哈萨克人起义。

阿古柏骁勇善战，屡立战功，1860年左右，晋升为阿克麦吉特（今纳罗夫斯基）伯克，成为拥有自己势力的一方诸侯。从此时起，当地百姓尊称阿古柏为“雅霍甫伯克”。

1864年，新疆民乱，库车、和阗、喀什、吐鲁番等地先后建立了地方割据政权，与清兵互相攻伐，局势混乱。占据喀什旧城的柯尔克孜伯克司迪尔（思的克）自立为“帕夏”，为了树立威信，决定派手下金相印去浩罕城迎回大和卓曾孙，号称“圣裔”的布素鲁克，立为傀儡。

1865年春，浩罕阿力木库尔汗派阿古柏率领50名骑兵护送布素鲁克去喀什。

一到喀什，布素鲁克和阿古柏便组织兵变，将司迪尔逐出喀什。3月，司迪尔率7000余柯尔克孜兵回袭喀什。阿古柏此时显露出了超群的军事指挥能力，仅率100名骑兵夜袭敌军，击溃了司迪尔。

接收了司迪尔势力的阿古柏迅速组建了数千名士兵的军队，1864年4月11日攻克了英吉沙，并将司迪尔残部彻底逐出新疆。

在阿古柏扶持下，
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